Fra maj 1998 til april 1999 gennemgik Mesing Kirke en omfattende restaurering. Ikke bare blev kirkens indre kalket, men der blev også lagt nyt gulv. Kirkens ubekvemme stolestader blev skiftet ud med nye og bekvemme. Det gamle orgel, som var bygget i år 1900 til en loge i Thisted, men i 1951 var blevet erhvervet til Mesing Kirke, havde i flere år været udskiftningsmodent. Menighedsrådet benyttede restaureringen som anledning til at få orgelproblemet løst.  Marcussen & Søn leverede nyt orgel til kirken (6 stemmer + pedal). Det gamle pulpitur måtte udskiftes med et større.

Menighedsrådet havde vedtaget at udskifte den gamle altertavle fra 1590erne, da den var i en sørgelig snedkermæssig forfatning. Den oprindelige maling med stafferinger var på et senere tidspunkt malet over med bred pensel og med tunge grønne og brune farver. Et forslag til ny alterudsmykning kunne imidlertid ikke godkendes af de kirkelige myndigheder, hvorefter menighedsrådet besluttede at lade den gamle altertavle restaurere. Ved restaureringen blev de senere tilkomne tunge farver fjernet. Det, man i dag ser, er tavlens oprindelige lette og lyse farver. Under et senere malet øje i tavlens top fandt man det langt mere evangeliske billede af helligåndsduen. Englehovederne under baldakinen har også været overmalet. Nadverens indstiftelsesord, som senere var blevet overskrevet med latinske bogstaver (med formulering fra nyere bibeloversættelse), står nu igen med den oprindelige skrift.

Et kapitel for sig er korsfæstelsesbilledet i tavlens midterfelt. Billedet, som er fra slutningen af 1500-tallet, var i 1870 blevet erstattet af et langt ringere korsfæstelsesbillede. Hvad der var blevet af det gamle billede var for længst gået i glemmebogen. Ved et tilfælde blev det i 1979 fundet. Det havde da siden 1870 fungeret som bagklædning for det senere billede. Billedets motiv var gemt bag sort maling. Det gamle og overmalede alterbillede blev restaureret - og hængt op på kirkens nordvæg overfor døren mellem våbenhus og skib. Der hang det, til det i forbindelse med altertavlens restaurering igen kom til den herlighed og ære, som det havde haft indtil 1870.